Ello, a pesar de que se ha resistido a la auditoría que ordenó el Congreso del Estado
Pese a que la UAEM opera con recursos públicos y es el único ente autónomo del estado que no cuenta con un órgano de control interno, como lo indica la reforma a la Constitución Política de México, el rector Alejandro Vera Jiménez insiste en que el cumplimiento de dicha ley es una violación a la autonomía de la institución.
Vera, quien se ha negado en varias ocasiones a hacer públicas las finanzas de la institución y que incluso evitó que continuara la auditoría por vacaciones, ahora solicitó al Congreso establecer diálogo, pues dijo que crear un órgano de control interno convertiría a la UAEM en rehén de intereses políticos. Aún cuando los medios de los que se ha valido Alejandro Vera para incumplir con la ley han sido marchas y plantones en el propio Poder Legislativo, instó al Congreso a debatir la idea de instalar un contralor interno.
La iniciativa plantea modificar el artículo 121 de la Constitución de Morelos, a fin de que la UAEM, como organismo público autónomo, esté obligada a presentar declaraciones de interés y patrimoniales de sus funcionarios, debido a que utiliza recursos públicos. Además, se establece en el Artículo 134 la instalación del Sistema Estatal Anticorrupción, como instancia coordinadora entre las autoridades competentes en la prevención, detección, investigación y sanción de responsabilidades administrativas y corrupción.