Cabeza de Vaca fue detenido el 15 de mayo del año 2009 en la sede de la desaparecida Secretaría de Seguridad Pública (SSP), después de renunciar al cargo y durante la entrega- recepción de la oficina. El ex encargado de la seguridad de Morelos durante el gobierno de Marco Antonio Adame Castillo (2006-20012), fue trasladado al penal federal de Matamoros, Tamaulipas, en donde logró su libertad el 30 de septiembre de 2010, al obtener un amparo del Segundo Tribunal Colegiado de Tampico. Sin embargo, de inmediato fue recapturado y remitido a otro penal del gobierno federal en Nayarit, en donde el fin de semana pasado obtuvo su libertad al no haber evidencias sobre su presunta relación con el narcotraficante Arturo Beltrán Leyva. Luis Ángel Cabeza de Vaca al lograr el amparo número 199/2015 del Segundo Tribunal Colegiado de Nayarit, obtuvo revocar la condena de 10 años impuesta por delincuencia organizada, al estimar que no había pruebas sobre los señalamientos hechos por la PGR en su contra. Los magistrados también aprobaron darle vista a la PGR, para que investigue a funcionarios de la SEIDO porque presumen que para incriminar a Cabeza de Vaca el narcotraficante Édgar Valdez Villarreal “La Barbie” fue bajo actos de tortura. También se pide a la Procuraduría indagar el caso de Jesús Ulises Agúndez Valenzuela, un ex policía de Cuernavaca que dijo que también fue torturado para declarar
